1. Если сотрудник остается после командировки законно отдохнуть (устал человек, понимаете?!) расходы на его обратный проезд организация не вправе учитывать при исчислении налога на прибыль. Потому что получается, что работодатель оплачивает сотруднику возвращение из отпуска, а не из командировки.
2. Если сотрудник выехал раньше даты в приказе о командировке (зато свежий и отдохнувший приступит к делам прямо на месте!), то в расходах не признаётся стоимость проезда.